北京中医药大学基建处(校区工程建设指挥部)是学校校园规划组织编制和基本建设的管理机构，负责学校校区工程建设和基本建设项目的具体组织和实施。全处设工程及资料管理科、计划科、规划科、预算科四个职能科室。工作职责是根据国家及地方政府的法律法规以及学校总体事业发展规划，组织实施校区建设，及校园教学楼、实验楼等教学科研用房和公共设施、道路工程建设，为学校的发展提供最好的硬件环境，为学校的人才培养、学科建设和“双一流”建设提供有力保障。